关于壳聚糖及其衍生物的抗菌机理尚有诸多未明之处 。根据现有的研究结果 ，壳聚糖及其衍生物之所以能够抑菌 ，主要是由于它们与细菌的细胞质膜发生了一定的反应 ，破坏了细菌正常的生理功能 。尽管如此 ，壳聚糖及其衍生物在抗菌机理上还是存在一定的差异 。
（1）壳聚糖抗菌作用的机理：壳聚糖所带的阳离子与构成为微生物细胞壁的唾液酸或磷脂质阴离子发生离子结合 ，束缚了微生物的自由度 ，阻碍其发育 。壳聚糖还被分解成低分子 ，渗透到微生物细胞壁内 ，阻碍遗传因子从DNA到RNA的转移 ，从而阻止微生物的发育和繁殖 。对细菌中的大肠杆菌、金黄色葡萄糖菌的小发育阻止浓度为10~20mg/kg ，对灰霉菌、斑点病菌的小生育阻止浓度为10mg/kg ，均显示出极高的抗菌性 。
